Das Kombi wurde offenbar schon mal nicht angefasst. Wenn die MSA-Funktion und die Nebler "weg" sind (ich nehme aber an, Du meinst beim Welcome Light, nicht beim Coming Home, oder?), dann ist offenbar zumindest das Front-Elektronik-Modul entweder geflasht oder auf Standardwerte zurückgesetzt worden, das kann je nach Typ und Ausstattung jede Menge Funktionen betreffen (z.B. Tippblinker, Blinkquittierung beim Öffnen/Schließen, Fensterheber (MAUT-Funktion deaktivieren), Spiegel sofort anklappen, Ambientebeleuchtung entkoppeln, Tür-LEDs im Rückwärtsgang, diverse Einstellungen der SRA etc. pp.).
Die werden Dir aber einfach einen komplett neuen Softwarestand verpasst haben (was beim Tausch des Lenkgetriebes auch völlig normal und m.W. sogar vorgeschrieben ist). Das betrifft prinzipiell alle Steuergeräte und somit vermutlich auch das Rear-Electronic-Module, also z.B. hättest Du dann jetzt hinten kein TFL mehr (falls das aktiviert wurde). Beim Kombi gab es offenbar keine Änderung seit Deinem letzten SW-Update, deshalb sind dessen Codierungen erhalten geblieben.
EDIT: Und da Du 'nen Touring hast, wirst Du vermutlich auch die Funktion codiert haben lassen, die Heckklappe per Tastendruck in der A-Säule auch schließen zu können. Musst Du mal schauen, ob das noch geht.