Eine gute Idee! Einfach per AUX Kabel den input bringen. Wird wahrscheinlich das einfachste sein 
Aber auch nicht ganz zielführend oder? Zumindest könnte man mit der Methode aber die Fehlerquelle testen, ob das Verhalten von der iPad Konfiguration stammt oder nicht. Falls über AUX-In nach der nicht definierbaren Zeit die auf dem iPad gespeicherte Musik abgespielt wird, liegt es definitiv an iPad.
Falls es nur am USB-Eingang passiert, kann es daran liegen, dass der USB Anschluss nach einer Weile in einen anderen Modus schaltet und das iPad darauf mit "Musik abspielen" reagiert. Dieses Verhalten ist jetzt von mir konstruiert und noch nicht beobachtet worden, aber eventuell gibt es da einen Timer der auf Input wartet und dann den USB "umschaltet".
Ich erwarte eigentlich, dass man das Handy / iPad per Bluetooth zum Musik abspielen nutzen kann, was ja laut Produktbeschreibung auch funktionieren sollte. Falls die Problematik nur über USB auftritt würde ich daher versuchen den USB auszuklammern und die Bluetooth Funktionalität herzustellen! Dabei sollte der
auch helfen können. Versuch mal die Fehlerquelle zu identifizieren, derzeit stochern wir alle etwas im Dunkeln 
Update: auf der bmw.com/bluetooth Seite steht folgendes für das iPhone 5s / F31 (dürfte analog für das iPad gelten):
undefined
Zitat
Audiowiedergabe: Funktionseinschränkung
Manchmal
kann es vorkommen, dass kein Audio ausgegeben wird. In diesem Fall
bitte auf eine andere Audioquelle und wieder zurückschalten.
Manchmal ?! Im Ernst?!
VG, Azrael