Erste Frage wie staati schon schrieb hat der Wagen noch Gewährleistung und steht er bei BMW? Falls beides ja und du willst die Gewährleistung auf den Motor behalten, mach das was die Werkstatt sagt. Erscheint dir das seltsam bleibt nur die Möglichkeit einen anderen BMW Händler auf zu suchen, mit dem du vorher gesprochen hast und der anders an die Sache ran gehen würde. Was aber wieder mit Abschleppkosten verbunden ist.
Hast du keine Gewährleistung mehr, lass den Tank und die Leitungen spülen. Neuer Filter rein und dann ists gut. Wenn der Motor wirklich nur 2sek lief fehlt da gar nichts.