Letzteres ist richtig. Aber da muss ich mangels eigener Erfahrung mal nachhaken, weil ich das ja nie beim Händler habe machen lassen: Wird dann wirklich nur das REM geflashed und codiert - bist Du sicher...?
Denn das würde ja dazu führen, dass das REM und der gesamte Rest des Autos nicht auf demselben Softwarestand sind. Was nicht unbedingt weiter tragisch wäre (ist ja beim "eigenen" Flashen/Codieren nicht anders), aber es würde mich wundern, wenn BMW das so vorsehen würde. Ich denke eher, die bügeln übers komplette Auto den aktuellen Stand drüber.
Es sei denn, man hat ohnehin einen Softwarestand, der das entsprechende HO-Wort bereits "versteht" (März 2016 ist der älteste mir aus eigener Erfahrung bekannte) - dann muss das REM wirklich nur codiert werden. Aber bei älteren Softwareständen muss es eben auch "geflashed" (also auf einen neuen Stand gehoben) werden, und da halte ich es für unwahrscheinlich, dass der Händler das nur für ein einziges Steuergerät macht - bzw. überhaupt machen kann.
Bei der Nachrüstung prüft das Modul, ob der Softwarestand im Fahrzeug ausreichend ist, um die ggf. benötigte Codierung zu setzen. Da kann es auch Querwirkungen in anderen ECUs geben, wo ggf. auch die Codierungen angepasst werden können.
Wenn das nicht der Fall ist, dann wird der Softwarestand hochgezogen (I-Stufen-Update). Das geschieht natürlich im gesamten Fahrzeug, sonst erzeugt man u. U. zusätzliche Schnittstellenprobleme.
Das hatte ich aber nicht geschrieben um den Fragesteller nicht zusätzlich zu verwirren und mich daher auf die Maßnahmen beschränkt, da die meist häufiger vorkommen als eine fehlende Codieroption.
Bei einer einfachen Nachrüstung/Umrüstung ist es meist nur ne Codierung.
Wenn es parallel Maßnahmen gibt, werden die auch abgearbeitet. Der Werkstatt-Mitarbeiter hat fast keinen Einfluss was da passiert.
Das System ermittelt einen Arbeitsplan, der dann abgearbeitet wird.